Vid Teologiska institutionen finns sex ämneskollegier som bereder frågor inom grund- och forskarutbildning samt forskning. Ämnena är utgångspunkt för institutionens verksamhet. Kollegiet består av lärare, forskare och anställda doktorander inom ämnet samt en studeranderepresentant. I varje kollegium finns också en assistent. Ämneskollegiet har till uppgift att bland annat bereda ämnets allmänna studieplan inför beslut i fakultetsnämnden, lämna förslag till fristående kurser till samråd för kursutbud, lämna förslag till kursplaner för fristående kurser till fakultetsnämnden, säkerställa att kursvärderingar genomförs och följs upp för de kurser kollegiet har ansvar för och ansvarar för utveckling av kursplaner, genomförande och utvärdering av fristående kurser som hör till ämnet.